الهدف من مدرسة النابغة الصغير هو تخريج جيل يكون متجذرا في العلوم و قادرا على التفاعل في محيطه الإجتماعي، مما يمنحه قدرة على التكيّف للعيش المشترك و ترسيخ قيم التسامح و التنوّع و الإحتراممؤسسة تعليمية يتعلم فيها التلاميذ الدروس بمختلف العلوم وتكون الدراسة بها عدة مراحل وهي التمهيدي والابتدائية والمتوسطة أو الإعدادية والثانوية التي تعمل على إعداد المتعلم ليكون شخصاً إيجابياً في المجتمع